El Colegio Ferrini fue fundado en 1965 por iniciativa del presbítero Jesús Emilio Jaramillo Monsalve, de la comunidad de los Misioneros de Yarumal; inició con cinco grupos de primaria y avanzó hasta graduar sus primeros bachilleres en 1970. El primer rector fue el presbítero Óscar Osorio, y el coordinador más recordado, el insigne pedagogo Miguel Ángel Sierra.

En 1977 el Seminario de Misioneros de Yarumal cede el Colegio Ferrini al doctor Iván Giraldo Zuluaga quien asume en propiedad el cargo de rector y funda en 1978 el Instituto San Fernando, como propuesta educativa para la juventud femenina, cambiando totalmente la orientación religiosa impartida por los misioneros por una formación laica, pluralista, incluyente y solidaria dirigida a todos los sectores de la ciudad; esta oferta hace que la población escolar aumente notablemente y que el servicio educativo se expanda a todos los sectores de la ciudad de Medellín.

En 1986 se fusionó el Instituto San Fernando, femenino, con el Colegio Ferrini, para crear el Instituto San Fernando-Ferrini. En 1991 se creó la modalidad de educación básica y media para adultos.